動物・植物・細菌・ウイルスの系統をたどれるインタラクティブな生命の樹「Ptree」

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生物の分類をクリックしながらたどり、食性や寿命などいろいろな性質を調べられるウェブサイトが「Ptree」です。地球上の生物のつながりを眺められるインタラクティブな生命の樹を実際に使ってみました。 Interactive Phylo Tree of Life - Ptree https://ptree.org/ Show HN: Interactive Tree of Life | Hacker News https://news.ycombinator.com/item?id=49559069 Ptreeにアクセスすると、左側に分類群の一覧、右側に生物の画像や解説、上部に食性や寿命などの項目が表示されました。まずは分類樹の先頭からたどりたいため、左上の「Ptree」ロゴをクリック。

すると、「animals(動物)」「plants(植物)」「bacterium(細菌)」「Viruses(ウイルス)」などの分類群が並びました。左側の一覧にある「animals」をクリック。

「ORDER(目)」の列が開き、哺乳類をさらに分けた分類群が並びました。このようにして、分類の中の名前をクリックするたびに「界→門→綱→目→科→属→種→亜種」の順により細かい分類を開くことができます。

気になる分類を順番に開いていくという使い方以外に、生物の名前から直接探すことも可能です。右上の「species or group」と書かれた検索欄にヒトの学名である「Homo sapiens」を入力し、検索候補に表示された「Homo sapiens」をクリック。

すると、ヒトまでの経路が開き、右側には人間の図版とWikipediaの「Human」の解説が表示されました。上位の分類群は左端に折り畳まれてヒトに至る分岐が残るため、個別の生物を調べながら分類のつながりも見渡すことができます。

画面上部には「Nutrition(食性)」「Longevity(寿命)」「Reproduction(繁殖)」「Setting(生息環境)」など多数の性質が並んでおり、デフォルトでは「Nutrition」が選択されているため分類樹の帯は最初から食性に応じて色分けされています。

また、性質一覧の下には「herbivorous(草食性)」「omnivorous(雑食性)」「predatory(捕食性)」などの凡例が表示されており、分類樹の帯の色と凡例を見比べることで分類群ごとの食性をひと目で確認することができます。凡例はその時選択されている性質に応じて変わります。

なお、用意されている全41種の性質は以下の通りです。 ・Gram stain(グラム染色) ・Risk group(危険度分類) ・Temperature(温度) ・pH(水素イオン指数) ・Breeding frequency(繁殖頻度) ・Maturity(性成熟までの期間) ・Longevity(寿命) ・Development time(発生・成長期間) ・Offspring count(1回の繁殖で生まれる子の数) ・Offspring mass(卵・種子・新生個体などの重さ) ・Parental care(子の世話) ・Ontogeny(発生・成長の様式) ・Sex＆mating(性と配偶関係) ・Reproduction(繁殖) ・Shape(形状) ・Construction(体を支える構造と材質) ・Movement(移動方法) ・Migration(渡り・回遊) ・Nutrition(食性) ・Respiration(呼吸) ・Organization(集合・共生の形態) ・Earliest fossil(最古の化石の年代) ・Setting(生息環境) ・Position(生息位置) ・Vertical range(生息する標高・水深) ・Climate(気候) ・Day cycle(1日の活動時間帯) ・Light sensing(光を感知する能力) ・Spread(分布・定着状況) ・Use＆trade(利用・取引) ・Conservation(絶滅リスク) ・Population trend(個体数の増減) ・Linear extent(体の長さ・根の深さ) ・Mass(質量) ・Volume(体積) ・Niche breadth(利用する生息環境や食物の幅) ・Drought resistance(乾燥耐性) ・Leaf economy(葉の乾燥重量に対する面積・窒素量) ・Gas exchange(ガス交換) ・Growth form(生育形) ・Persistence(生活環の長さ・落葉性) 表示する性質を寿命に切り替えるため、上部の「Longevity」をクリック。

「Interactions」タブでは、選択した生物とほかの生物との関係を「Feeding(摂食)」「Parasites(寄生)」「Disease and transmission(病気と伝播)」「Symbiosis and hosts(共生と宿主)」「Flowers and dispersal(訪花・受粉・散布)」「Habitat and proximity(生息環境と近接関係)」「Other associations(その他の関係)」の7つの区分で確認できます。情報源は、生物間相互作用のオープンデータを集約するGlobal Biotic Interactions(GloBI)です。 PtreeにはGBIFやOpen Tree of Lifeなど合計11種類の分類樹が収録されており、いずれも学術機関やデータベースの公開データに基づいています。作者のマイケル・デイヤー氏は、Ptreeはデータを分類して公開してきた何千人もの科学者によって成り立っており、「自分はインターフェースを作ったにすぎない」と述べています。

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